根据角膜植物损伤史，结合角膜病灶的特征，可作出初步诊断。实验室检查找到真菌和菌丝可以确诊。常用方法有角膜刮片Gram和Giemsa染色、10％－20％氢氧化钾湿片刮片及培养均为阴性，而临床又高度怀疑者，可考虑作角膜组织活检。此外，免疫荧光染色、电子显微镜检查和PCR技术也用于真菌角膜炎的诊断。角膜共焦显微镜作为非侵入性检查，可直接发现病灶内的真菌病原体。

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