沙眼衣原体感染结膜后，潜伏期为5-12天。患沙眼初期，大多数人只是感觉眼睛有些痒或有异物感，可能不放在心上，往往养痈遗患。

　　卫生习惯差，疏忽患沙眼。沙眼主要为接触性传染，对于人员集中、集体生活的军营来说，需要重点防范。一般来说，沙眼的传播与患者的卫生习惯、生活条件、居住环境、营养状况、医疗条件等因素密切相关。沙眼患者常有黏性分泌物，有时还会流鼻涕，这些分泌物中含有沙眼衣原体微生物，很容易沾到手、衣物、毛巾、洗脸用具和其他物品上，当健康人与之接触时，衣原体就可能传播开来。

　　诊治不及时，引发合并症。很多战友训练工作任务重，遇到小伤小病有拖一拖、挺一下的习惯，患沙眼后容易忽视。一旦任由沙眼发展，或者治疗不及时、不彻底，急性期便会转入慢性期。慢性沙眼可反复感染、病程迁延长达数十年，还会引发多种合并症，如结膜结石、慢性泪囊炎、眼睑内翻、倒睫、角膜炎、角膜溃疡、角结膜干燥、上睑下垂等。出现合并症时，会严重影响视力，甚至导致失明。

　　治疗不正规，易加重病情。个别同志在治疗沙眼时存在滥用药、私自用药等行为，容易对眼睛造成更大伤害。许多患者错误地认为，用价格高的药会缩短疗程，有的私自将多种药物混合在一起使用，并增加眼药水的滴注次数，结果适得其反，药物里的防腐剂等容易加重眼睛干涩等不适症状。