多为急性发病，病人有异物感、畏光、流泪，很多粘液或粘液性分泌物。数周后急性症状消退，进入慢性期，此时可无任何不适或仅觉眼易疲劳。如于此时治愈或自愈，可不留瘢痕。但在慢性病程中，于流行地区，常有重复感染，病情加重。角膜上有活动性血管翳时，刺激症状变为显着，视力减退。晚期常因后遗症，如睑内翻、倒睫、角膜溃疡及眼球干燥等，症状更为明显，并严重影响视力，甚至失明。

　　墨西哥国立理工学院生物学家伊尔玛·德莱昂2日对当地媒体介绍说，人体感染沙眼衣原体后，能产生短暂而又不太强的免疫力，因此沙眼患者经常发生反复感染。她对沙眼患者眼部黏膜取样进行研究后发现，沙眼衣原体阳性率极高，如治疗不及时或不适当，便会造成患者失明。更值得注意的是，这种微生物甚至还可以通过衣服、浴器、便具等途径，以及通过性接触传染给他人，引起男女泌尿生殖系统的感染，成为一种新的性传播疾病。