大部分眼药水都不能长期使用，因为它们都有副作用。长期使用抗生素眼药水，会使眼部菌群失调，造成二重感染加重病情，还容易产生耐药性。激素类眼药水只是用来控制疾病进度及缓解症状，长时间使用会使部分人群眼压升高，引起继发性青光眼及其他一些并发症。

　　抗疲劳的保健性眼药水，有收缩血管的作用，人们在使用前最好也先要向医生咨询，同时不建议天天使用。因此，当眼睛出现问题后，首先要请医生诊断后并推荐眼药水，眼药水使用一段时间后，还要复查。

　　当异物进入眼睛后，有些人喜欢用眼药水冲洗，其实，科学的方法应该是尽快用生理盐水冲洗，如果没有的话纯净水也可以。

　　有人在出现眼病后，一次点数滴眼药水，认为加大药量，疾病会早日痊愈。其实，药水一次点一滴就够了。太过频繁地使用，药水内的防腐剂会对眼球表面造成伤害。

　　以悬浮液剂型制成的眼药水，使用前应摇晃均匀。有些眼药水在固定的时间使用才能发挥最大的作用。