沙眼衣原体可用培养方法来分离。早期，结膜刮片用吉姆萨染色后可发现在结膜上皮细胞内有微小嗜碱的细胞浆包涵体，便可将沙眼与急性结膜炎相区别。

　　成人包涵体性结膜炎也可找到包涵体，但临床表现与沙眼不同。春季结膜炎的睑结膜型与沙眼的滤泡肥大期相似，但前者有嗜酸粒细胞和乳白色平顶状乳头，且刮片内找不到嗜碱的包涵体。