并发症包括感染（眼内感染和角膜感染），眼内出血，创口渗漏，青光眼，移植片排斥，移植失败，高度屈光不正（特别是散光和/或近视）和疾病复发，即角膜基质营养不良。

   　 移植片排斥常见。病人主诉视力减退、光敏感、眼痛和眼充血、移植片排斥可局部应用皮质类固醇治疗（例如1%醋酸泼尼松龙，每小时1次），并常辅以眼周注射（例如甲基泼尼松龙40mg）。

　　如果移植片排斥严重或移植片功能尚勉强可以,可加用皮质类固醇口服(例如泼尼松每日1mg/kg)和偶尔静脉注射(例如丁二酸钠甲基泼尼松龙3~5mg/kg1次).在大多数非高危险率移植片,移植片排斥的发生是容易逆转的,移植片功能可充分恢复.如果移植片排斥非常严重或长期或多次发作移植片排斥后,则移植失败.再移植是可以的,但远期预后是一透明的再移植片较原先移植者为低。