沙眼衣原体的患病人群主要集中在青壮年中，它能引发男女急性尿路综合征。它是男性非淋菌性尿道炎、附睾炎最常见的病原菌，可能也是引起男性不孕的罪魁祸首。女性感染沙眼衣原体后，会引起子宫颈炎、阴道炎、尿道炎，甚至可能引起急、慢性输卵管炎和盆腔炎等。孕妇如被沙眼衣原体感染，分娩时胎儿在通过产道时易发生眼部感染，引起新生儿眼炎和沙眼衣原体肺炎。

    　目前全世界沙眼患者达5亿人之多，其中约有600万人因角膜溃疡形成后，继发细菌反复感染而导致双目失明。在非洲、东南亚、拉美和太平洋一些岛屿国家，沙眼已经成为危害公共健康的大问题。