一般浅层巩膜炎,只要治疗及时,视力及预后都较好,不会发生什么并发症。但深层巩膜炎或反复发作,久治不愈的顽固病例,如治疗不及时,或用药不当,常会引起不同程度的并发症。严重的前巩膜炎病变侵入角膜周围组织时,可并发巩膜角膜周围炎、前葡萄膜炎、继发虹膜后粘连、玻璃体混浊、渗出性视网膜脱离等。环形巩膜炎吸收后往往瘢痕变薄,可演变成巩膜葡萄肿。
后巩膜炎炎症消退后,可引起巩膜和眼球筋膜的永久性粘连、眼外肌麻痹或并发球后视神经炎。值得注意的是一种少见并发症——巩膜坏死软化,病变部位呈腐肉样外观,坏死组织脱落后,造成局部巩膜组织缺损,葡萄膜暴露,最终出现巩膜穿孔。