细菌性角膜溃疡最常由葡萄球菌,假单胞菌属或肺炎球菌引起。细菌的侵入并感染常见于睡眠时戴用接触镜,接触镜消毒不彻底,角膜外伤或角膜异物后。角膜溃疡也可为单纯疱疹性角膜炎,神经营养性角膜炎,慢性睑缘炎,结膜炎(特别是细菌性,例如淋病),沙眼,大泡性角膜病变和瘢痕性类天疱疮的并发症。角膜溃疡亦可能是继发于维生素A缺乏或蛋白质营养不良导致角膜营养障碍的结果.角膜溃疡也可由眼睑异常例如睑内翻,倒睫和眼睑闭合不全(例如兔眼,Bell麻痹,外伤后眼睑缺损,眼球突出)引起角膜暴露所致。

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