青光眼为双眼疾病，一经发现，就应在视功能尚未损害时尽快手术治疗。
但术后可能发生一些难以预测的并发症。因为同一人的双眼解剖生理及病理特点是相似的，所以术中或术后的并发症双眼极为相似，因此青光眼患者一定不能双眼同时手术，否则一旦发生问题，患者可能双目失明。
一般先做病情较重的眼，或已到晚期的眼，以便观察术后出现的问题。在做第二只眼时可做好预防工作。
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