外显子片段的7对引物
外显子 正向引物 反向引物 Ⅰ AATCTTGCTGGCAGCGTG AGCTGGATTCATTGGGAC TGCAATGAGGTTCTTCTG TCCAACTCTCTGGTTTGGG CAGTCATCCATAACTTAC ATATCACCTGCTGAACTC Ⅱ CATAGTCAATCCTTGGGC GGGAACAGAGAGAGAGAG Ⅲ GGATTAAGTGGTGCTTCG AATACGGGAACTGTCCGTGG AGAAGGAAATCCCTGGAG CATAAGTGACCATGTTCAAG ATTGACTACAACCCCCTG GCTTGTGGTAACCATGTAAC
在50 μl反应体系中含有100ng模板,5μl的10倍缓冲液,5μl的三磷酸脱氧核糖核苷,引物各5 pmol, 0.5 μl 的Vent聚合酶。反应条件:变性94°,30 s,退火55°,30 s,延伸72°,30 s,共35个循环。最后 72°,2 min时,以电泳检测产物。
3.突变筛选:用单链构像多态(single-stranded conformation polymorphism,SSCP)法,将以上产物用垂直胶电泳。凝胶主要成分:聚丙烯酰胺为49∶1,浓度为6%;10%过硫酸铵,TBE缓冲液;上样缓冲液为0.25%溴酚蓝、0.25%二甲苯氰、95%甲酰胺。在功率35W电泳10 h,银染观察结果。
4.克隆及测序:参照分子克隆实验指南中的克隆方法, 将SSCP法筛选出有带型异常的2例PCR 产物,应用T4克隆试剂盒(美国Clontech公司产品)克隆至PT-Adv载体,选择数个克隆,由内切酶EcorⅠ进行酶切鉴定,重组质粒由ABI-373 全自动测序仪进行双向测序,发现突变则用挑选的其他克隆重新测序以鉴定。
结果
一、PCR扩增产物
所有PCR扩增产物均为特异性的DNA条带,在SSCP法电泳筛选中,POAG组除第3外显子的第2对引物所扩增产物有2例出现带型异常外(图1),余均未见异常;正常对照组均未发现异常带型。
(箭头示筛选出的异常带型)
二、克隆的重组质粒
3 900 bp为载体
422 bp为酶切片段
(每例各选2个克隆)
2例克隆的重组质粒,经Ecor Ⅰ酶切鉴定,可见切出422 bp的片段,重组质粒测序结果可见其中1例在相当388氨基酸位置密码子由 GAT突变为AAT,氨基酸由天冬氨酸变为天冬酰胺,即Asp388Asn(图2,3),而另1例序列未测出突变。
“-”示第388密码子,由GAT突变为AAT,
即由天冬氨酸替换为天冬酰胺
三、突变患者临床资料
患者男,27岁,偶然发现左眼视物不清1个月,于1998年3月25日来我院就诊。体检未见异常。眼部检查:右眼视力1.2;左眼光感,光定位不准确。眼压:右眼42 mm Hg(1 mm Hg=0.133 kPa),左眼52 mm Hg。双眼房角宽,全部开放,无发育异常迹象;前房深度3.0 mm。右眼底视乳头苍白,C/D为0.7,颞上方切迹明显,血管纡曲爬行;左眼视乳头弥漫萎缩、苍白,视乳头苍白>0.95。光学相干断层扫描:双眼视网膜神经纤维层明显变薄。视野检查:右眼上方偏盲,左眼不能查。术前局部滴用1%毛果芸香碱及0.5%噻吗心安眼液,全身口服醋氮酰胺。用药后右眼眼压22 mm Hg,左眼32 mm Hg,右眼行复合式小梁切除术,术后眼压控制良好。
讨论
一、POAG的临床表现
POAG是一种常见的青光眼类型,主要表现为高眼压、视神经损害、视野缺损。国外一般分为青少年发病和成年发病两种类型。除发病年龄有区别外,其临床表现基本一致,且由于某些患者的发病年龄出现重叠,国内无标准将其严格区分。一般认为,POAG的发生与遗传因素有关。随着分子遗传学技术的成熟和发展,POAG发病机制的研究已进入分子水平,并有一定进展。
二、POAG的基因定位
1993年,Sheffield等[1]对一青少年发病的POAG家系成员的 DNA 进行全基因组搜索, 成功地运用小串联重复片段进行连锁分析,最终相关疾病基因定位于第1号染色体D1S194与D1S218之间的区域内,且显示出该疾病基因与D1S210 紧密连锁。另一庞大的POAG家系研究,又将该疾病基因更精确定位。第1号染色体上的青光眼相关疾病基因遂被命名为 GLCIA基因[1],至今被誉为是青光眼遗传学研究历史的里程碑。随后, 这一发现又在其他10余个家系的连锁研究中多次得到证实[4,5]。
三、TIGR基因的结构
根据酵母人工染色体序列标志目录图 (yeast artificial chromosome sequence laggedsite conlent mapping)和放射杂交图(radiation hybrid mapping ),最后确定青少年型青光眼致病的相关基因可能是TIGR[6](基因库检索号R95491,R95443,R47209和U85257)。研究表明,TIGR基因编码是1个504氨基酸的长多肽。基因由被2个大的内含子隔开的3个外显子组成(604、126、782bp),启动子部位有糖皮质激素元件。
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