医疗机构的成本核算成为不可逾越的基础性工作。医院开展成本核算，有助于改善医院经营管理，改变医院片面追求收入规模增长、缺乏对资源投入与成本效益分析的现状。科学规范、准确的成本核算数据也是政府制定卫生经济政策、加强医院监管、开展绩效评价的重要依据。

　　北京市卫生局从2003年开始联手市财政局，经过几年的实践，进行了以政府为主导的区域医院成本核算工作，从医院内部成本核算入手，经由全市统一的科室成本核算、医疗项目成本核算等步骤，透视医院收支结构，以及每一个医疗项目的成本及构成。以核算结果为依据，分析公立医院的内部机制和运营机制，制定有针对性的补偿政策和绩效考核政策。

　　截至2009年底，北京市卫生局拿出了一组(8所综合医院、3所专科医院)医疗项目成本核算数据，总结了其中8所综合医院的项目成本核算推广工作及取得的“两个层面、七大类”的成果，并从启动了公立医院新型财政补偿机制的试点工作、探索以医疗项目成本为基础归集建立病种成本核算机制、探索以医疗项目成本为基础合理调整医疗服务收费价格机制等方面阐述了北京市构建在医疗项目成本核算为基础的公立医院改革。在此基础上，北京市启动了公立医院财政补偿机制、公立医院绩效考核与奖金分配机制等探索;同时久难启动的医疗项目价格调整、医保付费机制的改革也将纳入北京市的政府主管部门的工作范畴。