开始时仅有眼部划物敏感或刺激感，伴有视力模糊。有外伤史者，在受伤后数天内出现溃疡，发展较缓，和外伤后迅速发展的绿脓杆菌性角膜溃疡有所不同。  

早期眼睑红肿及畏光流泪等刺激症状轻重不等，严重阶段刺激症状大多反见较轻。充血常很严重，主要为混合性，部分病例可有少量灰白色分泌物。

由于真菌菌株的不同，感染时间的久暂以及个体情况的差异，临床上所见到的溃疡形态很不一致。典型的早期溃疡呈灰白或乳白色，常为不规则形。表面粗糙，致密，略高出平面。溃疡和浸润的密度分布不均匀，溃疡与健区角膜分界大多清楚，溃疡边缘常不整齐。

较大的溃疡常为黄白色，多数为不规则圆形，表面似干燥粗略，呈“苔垢”或“牙膏”样。基质浸润致密，溃疡边缘稍有隆起。病变如发展，溃疡周围可见结节状或树根样基质浸润。

有人对于真菌性角膜炎常用以下名称描述。

菌丝苔波：是附着在溃疡表面的菌丝和坏死组织。色白不透明，微隆起，与健区角膜分界清楚。可刮除，刮除后的溃疡面较透明。

菌丝灶：是真菌菌丝长入角膜基质的病灶。表面微隆起干燥粗糙。混浊区的浸润密度浓淡不一致。质地较硬，用刀刮时，刀尖上附着的刮物很疏松。刮过后的溃疡仍混浊不透明。

菌丝灶边缘：有些溃疡边缘毛糙不齐。有时伸出树根浸润，称为“伪足”；或在溃疡周围出现孤立的结节状圆形浸润点，称为“卫星灶”。

反应环：在菌丝灶的周围有一圈炎性细菌浸润，一般不太宽，约1～2毫米，是机体对菌丝的防卫反应。有人称做“免疫环”。

分界沟：位于菌丝灶和反应环中间。此处炎症细胞浸润最多，是浅层组织坏死，轻度低陷而成的浅沟。

真菌性角膜溃疡的裂隙灯检查，溃疡的发展由浅层到深层。早期溃疡为浅表性，角膜厚度几乎无甚改变。溃疡底部为浓密的基质浸润，可达角膜全层的0.2、0.4、0.6不等。基质水肿虽轻，但常为全层性。正对菌丝灶后面的内皮，常有水肿粗糙及增厚，同时伴有皱褶，有人称做“内皮斑块”。有时整个角膜出现弥漫性雾状水肿，提示溃疡在发展中。

溃疡的发展过程，常先在周围或底部出现浸润，继而形成脓疡，脓疡坏死而成溃疡，溃疡面坏死组织不断融解脱落，使角膜逐渐变薄，最后导致穿孔。

穿孔一般较缓慢，位置、大小及形态不定。穿孔处经常微隆起，每有虹膜显露，中央穿孔时角膜略呈圆锥形。穿孔发生率约10%左右。

有时坏死组织虽未脱落，角膜即已出现“漏水”现象，以至前房在不知不觉中消失。又有时在坏死的角膜组织中，显露少许虹膜组织，亦是溃疡穿孔的另一种迹象。

溃疡一旦穿孔，炎症渐见减轻，但较在面积的穿孔，前房多数很难再度形成。溃疡坏死组织不断脱落，可使透明的后弹力层完全暴露，虹膜清晰可见，由于抵挡不住正常的眼内压，进而发展成角膜局部或全部葡萄肿。

当溃疡趋向愈合时，眼痛减轻，刺激症状改善，粘性分泌物消失，溃疡色泽由黄白转变为灰白色，溃疡表面清洁，周围上皮向内生长，荧光素着色范围缩小。前房积脓和丁道尔现象以及角膜后沉着物减少。溃疡愈合后，角膜基质仍有浸润及水肿，常需历时数月才能吸收。

溃疡愈合过程中可有新生血管伸入。细长单枝者少见，密集粗短的每见于菌丝灶周围，颇似角膜变小，角膜缘内移。

严重的虹膜睫状炎反应，是真菌性角膜溃疡特征之一。约50%病例可有前房积脓，自1毫米或2～3毫米，少数病例积脓可达前房一半以上，甚至充满整个前房。积肥脓呈乳白或淡黄色，前者为溃疡早期现象，而后者常代表炎症发展至严重阶段。脓液粘稠，不易移动。溃疡、脓疡以及前房积脓三者时在形态上融为一体，易于混淆，需裂隙灯切面检查，才能区别。

角膜后沉淀物有两种类型，一种是棕灰色的粉末状或细颗粒状，每见于溃疡早期，面积较小的病例，前房大多无脓或少量积脓。另一类是淡黄色浆糊样片状，或者是灰白色斑块状，附着于粗糙的角膜内皮面上，通常伴有前房积脓。前房积脓如果未能吸收，最后在前房角、虹膜、晶体表面形成机化膜。

真菌性角膜溃疡已经愈合，上皮生长，荧光素完全不染色时，在短期内仍有复发可能，这是同细菌性溃疡不同之处。