医疗纠纷可以分为两类，一类是医疗事故侵权行为引起的医疗赔偿纠纷案件；另一类是非医疗事故侵权行为或者医疗事故以外的其他原因而引起的医疗赔偿纠纷案件。
　　人民法院审理医疗事故引起的医疗赔偿纠纷案件，依照我国《民法通则》，并参照《医疗事故条例》处理；审理医疗事故以外的其他原因而引起的医疗赔偿纠纷案件，依照《民法通则》处理。

　　根据《最高人民法院关于参照〈医疗事故处理条例〉审理医疗纠纷民事案件的通知》的规定，人民法院根据当事人的申请或者依职权决定进行医疗事故司法鉴定的，交由《医疗事故条例》所规定的医学会组织医疗事故技术鉴定。因医疗事故以外的原因引起的其他医疗赔偿纠纷需要进行司法鉴定的，按照《人民法院对外委托司法鉴定管理规定》组织司法鉴定。

　　医疗纠纷案件的赔偿也相应分为两类，因医疗事故引起的民事赔偿纠纷，应当优先适用《医疗事故条例》的规定，应参照《医疗事故条例》的规定确定损害赔偿的数额；其他医疗纠纷的赔偿适用《最高人民法院关于人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》。