近日,中科院上海药物研究所蒋华良课题组、华东理工大学李洪林课题组和美国Rice大学José N.Onuchic课题组合作,在药物设计理论计算新方法发展研究中获得重要成果,突破了现有计算机辅助药物设计方法不能预测药效这一难题。相关研究在美国《国家科学院院刊》发表。
现有药物设计是“设计容易,评价难”。其主要原因是现有的理论计算方法不能准确预测药物—受体相互作用热力学和动力学参数。蒋华良与合作者一起发展了能精确预测小分子—蛋白质结合方式的柔性分子对接方法和精确预测小分子—蛋白质结合自由能的理论计算方法。同时,他们又将原先研究蛋白质折叠的能量全景图理论和研究化学反应机理的过渡态理论应用于药物—受体相互作用研究,发展了配体—受体结合自由能全景图构建方法。
“从自由能全景图可以获得准确的配体—受体结合热力学和动力学参数,预测药物的药效。”文章第一作者白芳博士介绍说。
蒋华良说:“论文预测结果与我们并行实验测定结果完全一致,表明我们发展的理论计算方法可靠。”
据悉,该理论计算方法还能给出药物与受体结合和解离的详细轨迹和作用机制,据此,研究者提出了新的药物设计策略并应用于设计新的抗AD药物。
该研究项目得到了科技部、国家自然科学基金委员会和中国科学院的资助。 |