这次卫计委"三定"方案中一大亮点就是将国务院医改办的职能并入到体改司之中，对此，北京大学国家发展研究院卫生经济学教授李玲表示机构的合并重组可能会对整个医改体系造成一定的损失。

　　对于新体改司的成立，对医改会起到多大的作用，李玲认为，未来的道路恐怕仍然十分困难。"我不认为国务院医改办的职能并入到新成立的体改司之后，会对医改起到很大的作用。如果跟医改办之前隶属发改委相比较，发改委会更强势，因为发改委更综合，超越部门的利益。到了卫计委的体改司后，在这个系统里，(医改办)协调的公正性和能力都会下降。"

　　医改专家认为，"从管理组织架构来讲，此次机构设置中有21个司，有点儿难管理，应该是部委下面设立几个大的局，然后再分管各个小的司局。不过毕竟这是两个部门整合的第一步，希望以后做到精简高效。目前21个司局，管理成本会很高。"

　　据一位业内人士透漏，从简政放权方面来看，改革的主要阻力在于人员编制的精简。从高层的副职过多到基层的编制繁冗，人员的精简历来都是最重要的阻力，同样，本次改革继续沿袭以时间换机遇的办法，保持了高层职位设计。 "三定"结构改革，表明相关部门对医改的决心有所下降。医改办的队伍刚刚建立起来，是自上而下进行医改的主力军，现在将其整合到新的卫计委中，医改力度可能会下降。政府对民营投资准入医疗市场的开放度还不够，从侧面来看有所倒退。