闫乃红 马可 马嘉 余文瀚 余曼 曹桂群 陈晓明 刘旭阳
四川大学华西医院眼科/眼科学研究室 韦素眼科研究所 610041
目的:微小RNA(microRNA,miRNA)是一组长度约21-25bp的非编码单链RNA分子,在组织发育过程中起重要作用。目前miRNA在视网膜中的表达仍不清楚,本课题通过miRNA芯片比较新生兔和成年兔视网膜miRNA的表达,找出差异表达的miRNA,预测与视网膜发育有关的靶基因和信号通路,进一步深入了解视网膜发育的分子机理。
方法:(1)分离新生兔和成年兔的视网膜,提取总RNA并分离纯化miRNA,对miRNA进行荧光标记并进行芯片杂交。(2)SAM(Microarrays software program)软件分析芯片结果,得到在新生兔和成年兔中差异表达的miRNA。(3)利用PicTar和TargetScan软件预测miRNA的靶基因,通过NCBI和UCSC数据库分析靶基因的功能。(4)通过PathWay Miner找到与视网膜发育有关的信号通路。
结果:在新生兔和成年兔视网膜中得到28个差异表达的miRNA(倍数>2),17个在新生兔视网膜中高表达,11个在成年兔视网膜中高表达。通过生物信息学分析这些miRNA,找到一批与视网膜发育有关的靶基因,并找到几个信号通路,如:sensory perception of light,visual perception和rhodopsin-like receptor activity。
结论:miRNA可调控组织复杂的发育过程,通过miRNA芯片分析,找到在视网膜发育不同阶段差异表达的28个miRNA,并预测了与视网膜发育相关的靶基因及信号通路。miRNA可能通过调控其靶基因及信号通路在视网膜发育过程中起重要作用,分析miRNA与靶基因之间的关系,为进一步研究视网膜发育的分子机制提供基础。 |