1.2基因组DNA的提取征得患者及其家属知情同意和医院伦理委员会的批准后,分别抽取家系成员中的8例患者和48名健康者静脉血5ml。应用wi脚d删试剂盒(美国Promega公司)提取基因组DNA,一20%保存。 1.3候选基因突变位点的检测根据已报道的中国家系致病基因突变位点(9个基因的16个突变位点),应用Primer Premier 5.0软件设计11对引物(表1)。引物由上海英骏公司合成。PCR反应体系为25一,含10 X PCR缓冲液2山,25 mmoVL Mgcl21.6一,2mmoL/L dNllP 1.2山,10 oanmoL/L正反向引物各0.8山,0.5U/山Taq DNA聚合酶2一,20ng/一基因组DNA 2山,双蒸H2 O 10.4山。上述试剂购自QIAGEN公司。PCR反应程序采用手工热启动以及逐步降温PCR技术。PCR产物经电泳检测后,通过ABl3130 DNA测序仪测序。
1.4微卫星分子标记连锁分析
1.4.1微卫星分子标记的选择根据已报道的17个ADCC候选基因和13个染色体区域,选取物理距离与上述位点紧密连锁的27个微卫星分子标记(有作适当调整,5 u/山热启动Taq DNA聚合酶0.1斗l,20 ng/“基因组DNAI山,添加双蒸H20至10 m。上述试剂均购自QIAGEN公司。PCR反应程序为95℃预变性15min,第1相循环:94℃308,起始退火温度63℃90 s,以后每个循环下降0.50C,72℃60 s,共16个循环;第2相循环:89。C 30s,550C 90s,72℃60 S,共20个循环,最后60℃延伸30min。其中第1相循环的起始退火温度和循环数根据扩增效率不同标记作适当调整。
1.4.3 基因型分析PCR产物经ABl3130自动测序仪毛细管电泳(5%变性聚丙烯胺凝胶分离),使用ABI ROXS00标准样品测量各等位基因片段的大小,应用GeneSean 3.0和Genotyper 2.1软件进行数据 收集和基因分型。
1.4.4连锁分析根据每个微卫星标记在家系成员中的基因分型结果。应用LINKAGE 5.2软件中的MLINK进行微卫星标记与候选基因和位点两点间的连锁分析,计算优势对数值(109 of the odd ratio,LOD)。
2结果
2.1候选基因突变位点的检测将家系中ADCC患者与正常成员的11个PCR产物DNA测序结果作比对,仅发现2个单核苷酸多态性(SNP),但不影响氨基酸编码,故将其排除。即在所测序的DNA片段上未发现突变位点,排除了已报道的中国家系致病基因突变位点(9个基因的16个突变位点)。
上一页 [1] [2] [3] 下一页 |